STUDI IN SILICO SENYAWA AKTIF DAUN KELOR (Moringae oleifera F) SEBAGAI ANTI SARS-CoV-2
DOI:
https://doi.org/10.36423/pharmacoscript.v7i2.1661Keywords:
SARS-CoV-2, Moringae oleifera, In Silico, AntivirusAbstract
SARS-CoV-2 adalah virus RNA untai positif yang dapat menginfeksi semua orang. Senyawa metabolit sekunder yang terkandung pada daun kelor berpotensi sebagai antivirus yang bekerja spesifik. Tujuan penelitian adalah untuk mengetahui aktivitas antivirus senyawa metabolit daun kelor pada reseptor SARS-CoV-2 main protease. Metode yang digunakan adalah studi komputasi dengan molekular docking, dan simulasi molecular dynamic serta prediksi sintesis dari senyawa uji. Dari hasil studi komputasi molecular docking senyawa uji daun kelor terhadap 4 reseptor SARS-CoV-2 dengan kode PDB 5R7Y, 7JKV, 7TLL, 7VH8 yang sudah divalidasi didapatkan 2 senyawa terbaik dari 29 senyawa dan obat pembanding pada masing-masing reseptor, untuk senyawa uji terbaik dari reseptor 7TLL yaitu senyawa 4-(4-asetilrhamnosida) dan pada reseptor 5R7Y, 7JKV, dan 7VH8, yaitu senyawa 4-O-alpha-L-Rhamnopyranosylglucosinalbin dengan binding affinity terendah dari senyawa terbaik ada pada reseptor 7JKV yakni dengan skor docking -108,15. Hasil uji molecular dynamic masing masing senyawa uji terbaik didapatkan hasil yang stabil terhadap ligan reseptor rata-rata nilai RMSD dan RMSF masing-masing tidak melebihi parameter yang ditentukan. Hasil prediksi sintesis dari masing-masing senyawa uji, senyawa bisa disintesis dengan menggunakan prosedur yang dihasilkan oleh chemical.ai. Hasil in silico kedua senyawa dapat dikatakan berpotensi sebagai pengobatan Anti SARS-CoV-2.
References
Amanda, S. S. (2021). Analisis Molecular Docking Potensi Senyawa Pada Daun Miyana (Coleus Blumei) Sebagai Antibiotik Terhadap Bakteri Mrsa (Metichillin Resistent Staphylococcus aureus).
Ambarsari, L., & Sumaryada, T. I. (n.d.). Simulasi Docking Senyawa Kurkumin dan Analognya Sebagai Inhibitor Reseptor Androgen pada Kanker Prostat. In CURRENT BIOCHEMISTRY e-ISSN.
Drie, J. H. v. (2005). Pharmacophore-Based Virtual Screening: A Practical Perspective (B. S. Juan Alvarez, Ed.; 1st ed.). CRC Press.
Fajri, M. (2021). The potential of Moringa oleifera as immune booster against COVID 19. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science, 807(2). https://doi.org/10.1088/1755-1315/807/2/022008
Hari Purnomo. (2011). Kimia komputasi: molecular docking PLANTS. pustaka pelajar.
Karyawati, T., Studi Farmasi, P., Ilmu Kesehatan, F., Perjuangan Tasikmalaya, U., Farmasi, P., & Bakti Tunas Husada Tasikmalaya, Stik. (2019). Simulas I Dinamika Molekular Senyawa-2,6-Dimethyl-4-(2-Methyl-2,3-Dihydr Obenzo[B ][1,4]thiazepin-4-yl)phenol pada protein 4n00 sebagai kandidat Sistem Saraf Pusat Menggunakan Aplikasi Gromacs. www.rcsb.org/pdb,
Kurniawan, C. D., Letak, T., Christopher, & Kurniawan, D. (n.d.). PENGANTAR KIMIA MEDISINAL Diterbitkan oleh: CV. Seribu Bintang. www.fb.com/cv.seribu.bintang
Lai, C. C., Shih, T. P., Ko, W. C., Tang, H. J., & Hsueh, P. R. (2020). Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and coronavirus disease-2019 (COVID-19): The epidemic and the challenges. International Journal of Antimicrobial Agents, 55(3), 105924. https://doi.org/10.1016/J.IJANTIMICAG.2020.105924
Muttaqin, F. Z., Ferdian Pratama, M., Kurniawan, F., Tinggi, S., & Bandunng, F. (2019). Molecular Docking and Molecular Dynamic Studies of Stilbene Derivative Compounds as Sirtuin-3 (Sirt3) Histone Deacetylase Inhibitor On Melanoma Skin Cancer And Their Toxicities Prediction. In Molecular Docking … Journal of Pharmacopolium (Vol. 2, Issue 2).
Narko, T., Permana, B., Prasetiawati, R., Soni, D., Khairiyah, F., Au, L., & Sastranegara, L. H. (n.d.). Jurnal Ilmiah Farmako Bahari Molecular Dockingstudyof Bulb Of Bawang Dayak (Eleutherine Palmifolia (L) Merr) Compound as Anti Servical Cancer Article History. http://PubChem.ncbi.nlm.nih.gov
Noviardi, H., Studi Farmasi, P., & Tinggi Teknologi Industri dan Farmasi Bogor, S. (2015). Potensi Senyawa Bullatalisin Sebagai Inhibitor Protein Leukotrien A4 Hidrolase Pada Kanker Kolon Secara in Silico (Vol. 5, Issue 2). http://www.rscb.org/pdb/
Pires, D. E. V., Blundell, T. L., & Ascher, D. B. (2015). pkCSM: Predicting small-molecule pharmacokinetic and toxicity properties using graph-based signatures. Journal of Medicinal Chemistry, 58(9), 4066–4072. https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.5b00104
Putra, P. P., Fauzana, A., & Lucida, H. (2020). In Silico Analysis of Physical-Chemical Properties, Target Potential, and Toxicology of Pure Compounds from Natural Products Analisis Sifat Fisika-Kimia, Potensi Target dan Toksikologi Senyawa Isolat Murni dari Bahan Alam dengan Metode In Silico. In Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and Technology Journal Homepage (Issue 3). http://jurnal.unpad.ac.id/ijpst/UNPAD
Rollando, R. (2018). Program Studi Farmasi, Fakultas Sains dan Teknologi. http://pji.ub.ac.id
Ruswanto, R., Nofianti, T., Mardianingrum, R., & Lestari, T. (2018). Desain dan Studi in Silico Senyawa Turunan Kuwanon-H sebagai Kandidat Obat Anti-HIV. Jurnal Kimia VALENSI, 4(1), 57–66. https://doi.org/10.15408/jkv.v4i1.6867
Salomon-Ferrer, R., Case, D. A., & Walker, R. C. (2013). An overview of the Amber biomolecular simulation package. Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science, 3(2), 198–210. https://doi.org/10.1002/wcms.1121
Sivani, B. M., Venkatesh, P., Murthy, T. P. K., & Kumar, S. B. (2021). In silico screening of antiviral compounds from Moringa oleifera for inhibition of SARS-CoV-2 main protease. Current Research in Green and Sustainable Chemistry, 4, 100202. https://doi.org/10.1016/J.CRGSC.2021.100202
Vallejo, W., Díaz-Uribe, C., & Fajardo, C. (2022). Google Colab and Virtual Simulations: Practical e-Learning Tools to Support the Teaching of Thermodynamics and to Introduce Coding to Students. ACS Omega, 7(8), 7421–7429. https://doi.org/10.1021/acsomega.2c00362
Xiong, Y., Riaz Rajoka, M. S., Zhang, M. X., & He, Z. (2020). Isolation and identification of two new compounds from the seeds of Moringa oleifera and their antiviral and anti-inflammatory activities. Natural Product Research. https://doi.org/10.1080/14786419.2020.1851218
Downloads
Published
Issue
Section
License
Copyright (c) 2024 Saeful Amin, Rahmat Julian, Andri Prasetyo
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
Authors who publish with this journal agree to the following terms:
- Authors retain copyright and grant the journal right of first publication, with the work [SPECIFY PERIOD OF TIME] after publication simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.
- Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.
- Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access).
This Journal is licensed under a 