MOLECULAR DOCKING DAN UJI TOKSISITAS REMDESIVIR, LOPINAVIR, RITONAVIR DAN FAVIPIRAVIR TERHADAP M-PROTEASE SARS-CoV-2

Authors

  • Anna Yuliana STIKes Bakti Tunas Husada Tasikmalaya (ID Scopus: 57192715936)
  • Oktaviani Ayu Saputri
  • Salsabila Adlina

DOI:

https://doi.org/10.36423/pharmacoscript.v5i1.893

Keywords:

antivirus, main protease, molecular docking, molecular dynamic, uji toksisitas

Abstract

Protease inhibitor Lopinavir, Ritonavir, Remdesivir yang bekerja pada RNA polimerase virus (Main Protease) diprediksi dapat memberikan aktivitas baik dalam pengikatan dengan reseptor secara in silico dan potensial sebagai penghambat COVID-19. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui toksisitas Remdesivir, Lopinavir, Ritonavir, dan Favipiravir dengan menggunakan software Toxtree dan mengetahui interaksi dan kestabilan obat Remdesivir, Lopinavir, Ritonavir, dan Favipiravir dengan resepetor M-Protease SARS-CoV-2 menggunakan metode Molecular Docking dan Molecular Dynamic. Senyawa obat uji dianalisis menggunakan lipinski rule's of five, uji toksisitas menggunakan program Toxtree, simulasi Molecular Docking menggunakan Autodock 1.5.6 dan simulasi Molecular Dynamic menggunakan MOE (Molecular Operating Environtment). Hasil Molecular Docking favipiravir dengan reseptor 5RF3 sebesar -6.32 kkal/mol, lopinavir dengan reseptor 5RL4 sebesar -17.86 kkal/mol, obat Ritonavir dengan reseptor 5RL5 sebesar -17.19 kkal/mol , dan obat Remdesivir dengan reseptor 5R83 sebesar -14.90 kkal/mol. Hasil Molecular Dynamic senyawa obat Favipiravir, Lopinavir, Remdesivir, dan Ritonavir dilihat dari hasil procheck ramachandran hasil persentase most favoured region 50% dan disallowed region 15% dan kecocokan hasil residu asam amino, uji toksisitas menggunakan Toxtree diperoleh kategori kelas III, tidak bersifat karsinogenik genotoksik dan non genotoksik. Senyawa obat uji memiliki interaksi yang kuat dan stabil sehingga dapat dijadikan sebagai kandidat yang berpotensi untuk pengobatan anti SARS-CoV-2.

References

Adelina, R. (2018). Mekanisme Katekin Sebagai Obat Antidislipidemia (Uji In Silico). Buletin Penelitian Kesehatan, 46(3), 147–154. https://doi.org/10.22435/bpk.v46i3.899

Adnin, A., Suma, T., & Wahyuningsih, T. D. (2019). 1081 Synthesis , Cytotoxicity Evaluation and Molecular Docking Study of N -Phenylpyrazoline Derivatives. 19(4), 1081–1090. https://doi.org/10.22146/ijc.45777

Allouche, A. (2012). Software News and Updates Gabedit — A Graphical User Interface for Computational Chemistry Softwares. Journal of Computational Chemistry, 32(October), 174–182. https://doi.org/10.1002/jcc

Adnin, A., Suma, T., & Wahyuningsih, T. D. (2019). 1081 Synthesis , Cytotoxicity Evaluation and Molecular Docking Study of N -Phenylpyrazoline Derivatives. 19(4), 1081–1090. https://doi.org/10.22146/ijc.45777

Allouche, A. (2012). Software News and Updates Gabedit — A Graphical User Interface for Computational Chemistry Softwares. Journal of Computational Chemistry, 32(October), 174–182. https://doi.org/10.1002/jcc

Amelia, F. (2019). Modeling Struktur Protein Vaksin H5N1 HA BTB Menggunakan I-Tasser. Journal of Chemical Information and Modeling, 53(9), 1689–1699.

Arwansyah, Ambarsari, L., & Sumaryada, T. I. (2014). Simulasi Docking Senyawa Kurkumin Dan Analognya Sebagai Inhibitor Enzim 12-Lipoksigenase. Current Biochemistry, 1(in silico), 36–39.

Bare, Y., Maulidi, A., Sari, D. R. T., & Tiring, S. S. N. D. (2019). Studi in Silico Prediksi Potensi 6-Gingerol sebagai inhibitor c-Jun N-terminal kinases (JNK). Jurnal Jejaring Matematika Dan Sains, 1(2), 59–63. https://doi.org/10.36873/jjms.v1i2.211

Bharti, R., & Shukla, S. K. (2021). Molecules against Covid-19: An in silico approach for drug development. Journal of Electronic Science and Technology, June 2020, 100095. https://doi.org/10.1016/j.jnlest.2021.100095

Frimayanti, N. (2021). Simulasi Molecular Dynamic (MD) Senyawa Analog Kalkon Sebagai Inhibitor Untuk Sel Kanker Paru A549. Jurnal Penelitian Farmasi Indonesia, 9(2), 56–60. https://doi.org/10.51887/jpfi.v9i2.852

Frimayanti, N., Nasution, M. R., & Etavianti, E. (2021). Molecular docking and molecular dynamic simulation of 1,5-benzothiazepine chalcone derivative compounds as potential inhibitors for Zika virus helicase. Jurnal Riset Kimia, 12(1), 44–52. https://doi.org/10.25077/jrk.v12i1.365

Gaffar, S., Masyhuri, A. A., Hartati, Y. W., & Rustaman, R. (2016). Studi in Silico Single Chain Variable Fragment (Scfv) Selektif Terhadap Hormon Basic Natriuretic Peptide (Bnp). Chimica et Natura Acta, 4(2), 52. https://doi.org/10.24198/cna.v4.n2.10671

Downloads

Published

2022-02-28